মজলিশে শূরাঃ দারুল উলূম হাটহাজারীর প্রশাসনিক স্তরে উচ্চ পর্যায়ের একটি 'মজলিসে শূরা' বা পরিচালনা কমিটি রয়েছে। এই মসজিলেস শূরা বা পরিচালনা কমিটি সর্বপ্রকার পরামর্শ দানের অধিকারী। যা দেশের শীর্ষস্থানীয় উলামা-মাশায়েখ ও প্রসিদ্ধ দ্বীনি মাদ্রাসাসমূহের মুহতামিম/পরিচালকগণের সমন্বয়ে গঠিত।

মজলিসে আমেলাঃ দারুল উলূমের মজলিসে শূরার অধীনে রয়েছে একটি কার্যনির্বাহী কমিটি বা মজলিসে আমেলা। দারুল উলূম দেওবন্দের সংবিধানের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ, কুরআন-সুন্নাহ অনুসৃত সংবিধানের পথ নির্দেশনায় উক্ত মজলিসে আমেলা পরিচালিত হয়ে থাকে।

মুহ্‌তামিম/মহাপরিচালকঃ দারুল উলূমের প্রধান পরিচালককে মুহ্‌তামিম বা মহাপরিচালক শব্দে অভিহিত করা হয়। মুহতামিম জামিয়া সংশ্লিষ্ট সর্বময় ক্ষমতার অধিকারী। তিনি জামিয়ার প্রত্যেক বিভাগের কার্যক্রম দায়িত্বশীলগণের সাথে পরামর্শক্রমে পরিচালনা করেন। সকল বিভাগীয় প্রধান, শিক্ষকমণ্ডলী, কর্মচারীবৃন্দকে তার নিকট জবাবদিহি করতে হয়। মুহতামিম সাহেব বিশেষ কোন জটিলতায় মজলিসে আমেলা বা মজলিসে শূরার পরামর্শ গ্রহণ করবেন।

নাযেমে তালিমাত/শিক্ষা সচিবঃ দারুল উলূমের শিক্ষা বিভাগীয় প্রধানকে নাযেমে তালীমাত বলা হয়। তার অধিনে কয়েকজন সহকারী থাকেন। তিনি শিক্ষা বিষয়ক সকল কার্যক্রমের তত্ত্বাবধান করেন এবং বিশেষ প্রয়োজনে মুহতামিম সাহেবের শরণাপন্ন হন। সর্বাবস্থায় মুহতামিম সাহেবের নিকট তিনি জবাবদিহি কতে বাধ্য থাকেন।

নাযেমে দারুল দারুল ইক্বামা/হল প্রভোস্টঃ দারুল উলূমের ছাত্রাবাস সমূহের নির্বাহী প্রধান বা হল প্রভোস্টকে নাযেমে দারুল উক্বামা বলা হয়। তিনি ছাত্রাবাস বিষয়ক সর্বপ্রকার ক্ষমতার অধিকারী। তার সহযোগি হিসেবে আরো কয়েকজন নায়েবে নাযেমে দারুল ইক্বামাহ্‌ বা সহকারী দায়িত্ব পালন করে থাকেন। বিভাগীয় কার্যনির্বাহে যে কোন জটিলতায় তিনি মুহ্‌তামিম সাহেবের শরণাপন্ন হন। সর্বাবস্থায় মুহতামিম সাহেবের নিকট তিনি জবাবদিহি করতে বাধ্য থাকেন।

নাযেমে মতবখ/বোর্ডিং পরিচালকঃ দারুল উলূমের বোর্ডিং পরিচালককে নাযেমে মতবখ বালা হয়। মুহ্‌তামিম সাহেবের পরামর্শ মোতাবেক তিনি কার্যক্রম পরিচালনা করেন। সর্বাবস্থায় মুহতামিম সাহেবের নিকট জবাবদিহি করতে বাধ্য থাকেন।

হিসাব বিভাগঃ দারুল উলূমের সকল বিভাগীয় আয়-ব্যয়ের হিসাব সংরক্ষিত হয় হিসাব বিভাগের মাধ্যমে। উক্ত বিভাগে একজন হিসাব রক্ষক, একজন সহকারী হিসাব রক্ষক, দুই জন হিসাব অডিটর রয়েছেন। এছাড়া রয়েছেন একজন কোষাধ্যক্ষ, একজন সহকারী কোষাধ্যক্ষ, ৩ সদস্য বিশিষ্ট একটি হিসাব তদন্ত কমিটি। উক্ত বিভাগও সর্বাবস্থায় মুহতামিম সাহেবের নিকট জবাবদিহি করতে বাধ্য।